השתתפות בחידון
כל תלמיד ותלמידה בבית ספר על-יסודי מכיתות ח' עד י"ב מוזמנים להשתתף בחידון, 3 תלמידים ותלמידות בלבד מכל בית ספר. המבקשים להירשם לחידון יפנו למחנך הכיתה, או לרכז החברתי, או לרכז מקצוע התנ"ך בבית הספר.
ההשתתפות בחידון התנ"ך ביום העצמאות טומנת בחובה כבוד ויוקרה לבני הנוער המשתתפים בחידון. אך מעבר לכל אלה, הוחלט על תמריץ אשר ימשוך את בני הנוער ליטול חלק בחידון התנ"ך: אנחנו במשרד החינוך נעניק זכאות לציון 100 בהערכה החלופית בבגרות בתנ"ך לשמונה זוכים בחידוני התנ"ך המחוזיים כשארבעה מהם מבתי הספר הממלכתי דתי וארבעה מבתי הספר הממלכתי. סה"כ מדובר ב-48 תלמידים, שמונה מכל מחוז.
שלבי חידון התנ"ך לנוער
לחידון התנ"ך העולמי לנוער יהודי ביום העצמאות מגיעים נציגים ממדינות רבות. מספר הנציגים מכל מדינה נקבע על פי גודל הקהילה היהודית במדינה. בחלק מהמדינות, דוגמת ארצות הברית יש מסורת של חידונים מקדימים ארציים, בעוד במדינות אחרות הנציגים נבחרים באחד מבתי הספר היהודיים, לעתים אף ללא מבחן מוקדם. במשך שנים רבות יוצגה ישראל על ידי שלושה נציגים בחידון התנ"ך העולמי. עם זאת, היו שנים בהם בגלל שוויון בגמר הועלו מישראל יותר נציגים (למשל, ב-1985 הועלו חמישה נציגים מישראל). לקראת סוף שנות ה-80 של המאה ה-20 הוגדל מספר הנציגים מישראל לארבעה, כאשר בחלק מהשנים שוריין מקום לנציג בתי הספר הממלכתיים.
שלב הראשון של חידון התנ"ך בישראל מתקיים במבחן בכתב המיועד לבחור את המתמודדים בחידונים מחוזיים. בעבר התקיימו המבחנים המוקדמים במנותק מבתי הספר והנבחנים שהשיגו את הציונים הגבוהים ביותר בכל מחוז עלו למבחן המחוזי. בשנת 1983 החליט משרד החינוך לקיים את המבחנים בצמידות לבתי הספר, והמבחן המוקדם נקרא מאז "המבחן הבית ספרי", וכל בית ספר מעלה למבחן המחוזי שלושה נציגים שקבלו את הציונים הגבוהים ביותר בבית הספר. המבחן מתקיים בכל בתי הספר באותו יום ובאותה שעה ומיועד לתלמידי כיתות ט'-י"ב.
השלב השני הוא חידונים מחוזיים המתקיימים במקביל. בעבר היו ארבעה חידונים מחוזיים והחל מסוף שנות ה-80 מתקיימים חידונים בששה מחוזות. על מנת לעודד השתתפות תלמידים מבתי ספר ממלכתיים הוחל בראשית שנות ה-90 של המאה ה-20 לקיים חידונים מחוזיים נפרדים לבתי ספר ממלכתיים לבתי ספר ממלכתיים דתיים. באופן כללי, החידון כולל חלק מוקדם בכתב זהה לכל הנבחנים בו ניתן לצבור בערך 50 נקודות (מתוך 99-100) ולאחר מכן הנבחנים בעלי הציון הגבוה ביותר (בדר"כ 18-20) עולים לשלב הפומבי הנערך על במה בנוכחות קהל. לאחר סבב שאלות בעל פה (שונות לכל אחד) עולים לשלב הבא 5-7 המשתתפים בעלי הניקוד הגבוה ביותר שגם בו נשאלות שאלות בעל פה. לאחר מכן עולים המשתתפים בעלי הניקוד הגבוה ביותר לשלב הפומבי השלישי, הנקרא "שלב השאלה הזהה". בשלב זה נערך על הבמה מופע אומנותי לקהל, בעוד המשתתפים שנותרו עונים על שאלון זהה בכתב, המנהלים אוספים את השאלונים, בודקים אותם ומסכמים את הניקוד. לאחר מכן מגיע שלב ההכתרה, בו מכתיר המנחה את 3 הזוכים בחידון המחוזי, חתן התנ"ך ושני סגניו.
המתמודדים שמעפילים לחידון מכל העולם ומישראל משתתפים ב'מחנה תנ"ך' שנמשך כשבועיים, בו מתקיימים החידון העולמי וחידון התפוצות. במהלך המחנה, נבחנים עשרות המתמודדים במבחן בכתב, ובו נקבע מי יהיו משתתפי החידון העולמי הפומבי ביום העצמאות, אשר משודר בשידור חי בטלויזיה.