לאחר חמש שנים כסמנכ"ל תוכניות ותפעול (COO), החל בשנת 2024 יהודה סטון לכהן כמנכ"ל (CEO & Director General) הסוכנות היהודית לארץ ישראל.

בתפקידו כסמנכ"ל תוכניות ותפעול, הוביל יהודה סטון את יישום אסטרטגיית הארגון, פיתוח ותפעול התוכניות השונות ופיקוח על כל יחידות התוכן ונציגויות הסוכנות היהודית ברחבי העולם, הפרוסות ב-66 מדינות. במסגרת תפקידו, הוא ניהל את תגובת הארגון למשבר באוקראינה, מבצע ההצלה והעלייה הגדול ביותר ב-30 השנים האחרונות, וכן את מלחמת חרבות ברזל מה-7 באוקטובר ואילך, במסגרתה הוביל את שולחן החירום של הארגון.

יהודה הצטרף לסוכנות היהודית בשנת 2008, כאשר שימש כשליח מרכזי מטעם תנועת הצופים הישראלית בלוס אנג'לס. בהמשך, הוא מונה לראש משלחת הסוכנות היהודית בדרום-מערב ארה"ב. עם שובו לישראל, שימש במגוון תפקידי ניהול בסוכנות היהודית, ובמשך חמש שנים ניהל את יחידת השליחים ועמיתי ישראל. בתפקיד זה, פיתח מודלים חדשים לשליחות, הקים את מכון השליחות והגדיל את מספר השליחים לכ-2,000 מדי שנה, שנשלחו ליותר מ-800 קהילות ומוסדות ברחבי העולם.

יהודה היה ממקימי תוכנית צמי"ד לשילוב בני נוער בעלי צרכים מיוחדים בתנועת הצופים. הוא מילא תפקידים מגוונים בחברה הישראלית, בהם פיתח ויישם תוכניות חינוכיות לאלפי צעירים ישראלים, וכיום הוא מתנדב וחבר הנהלה במספר ארגונים לא-ממשלתיים העוסקים בחינוך, ציונות ותמיכה באוכלוסיות מוחלשות.

יהודה סיים תואר שני בתוכנית רודרמן ללימודי יהדות אמריקה באוניברסיטת חיפה ובעל תואר ראשון בניהול ומשאבי אנוש מהמכללה למנהל.

יהודה ואשתו מיכל מתגוררים ביישוב אליאב, קהילה משותפת של ישראלים דתיים וחילוניים בעלי חזון פלורליסטי, ולהם שלושה ילדים – תבור, מאיה ונבו.