הסוכנות היהודית תומכת בכל שנה בכ-28 תוכניות המופעלות על-ידי ארגוני הזרמים השונים בארץ. התכניות מציעות לישראלים לחזק את הזהות היהודית שלהם ולהעמיק את הקשר עם העם היהודי והערכים היהודיים. הסיוע מאפשר חוויה ישראלית מגוונת, בה נוכחים הזרמים השונים .
התמיכה היא בהיקף של כ- 2 מיליון דולר בשנה , ומגוון התוכניות עשיר ביותר. בכל שנה מעל 800,000 ישראלים משתתפים בתכניות השונות. התוכניות מיועדות לקבוצות גיל שונות - ילדים, בני עשרה, צעירים לפני גיוס או אחרי שחרור מהשירות הצבאי, וקהילות שונות ומגוונות ברחבי הארץ המתאפיינות ברוח פלורליסטית. תמיכתה זו של הסוכנות היהודית על פני שלושה עשורים היא ללא ספק המשאב המרכזי המאפשר נוכחות וצמיחה של התנועות הפלורליסטיות בארץ.
בין התכניות הנתמכות –
• חינוך - רשת בתיה"ס תל"י (קונסרבטיבי), פיתוח תוכניות לימוד (רפורמי)
• תנועות נוער - תל"ם (רפורמי), נוע"ם (קונסרבטיבי), NCSY (אורתודוקסי מודרני)
• תכניות מנהיגות לנוער ותכניות בינדוריות (רפורמי וקונסרבטיבי)
• תכניות בר- בת מצוה -לילדים בעלי צרכים מיוחדים (קונסרבטיבי), לחירשים ולקויי שמיעה (אורתודוקסי) ולילדים משכונות מצוקה בפריפריה (אורתודוקסי)
• קהילות ברחבי הארץ- 50 קהילות רפורמיות, ו84 קהילות קונסרבטיביות- ברחבי הארץ
• מועדונים לנוער בסיכון – זולה בירושלים, דאורייתא בצפון ודרום הארץ (אורתודוקסי)
• תכנית למניעה וסיוע לעגונות- העוסקת בתוך הרבנות ומחוצה לה בנושא הכאוב של עגינות נשים, קידום המודעות לנושא ושותפות בניסוח ה"הסכם לכבוד הדדי" עליו חותמים זוגות לפני ואחרי נישואים למניעת עגינות.
• תכניות להסמכת רבנים ישראלים - בהיברו יוניון קולג' (רפורמי), ןבבית המדרש עש שכטר (קונסרבטיבי)
רשימת הארגונים שנהנים מתמיכת הסוכנות היהודית ארוכה ומגוונת-
• התנועה המסורתית • קרן תל"י • מכון שכטר למדעי היהדות • בית המדרש לרבנים ע"ש שכטר • התנועה ליהדות מתקדמת • היברו יוניון קולג' • ישיבה יוניברסיטי ישראל • תנועת ישראל החדשה • ה OU בישראל